فهرست مطالب
IIIumina Hiseq 2500
سیستم HiSeq 2500 یک سیستم توالی قدرتمند با انعطاف‌پذیری برای انجام چندین برنامه است.
HiSeq 2500 به قدرت بی‌چون‌و‌چرای Illumina تبدیل شده‌است.
سیستم‌های توالی‌یابی برای برنامه‌های کاربردی تعیین توالی بالا تا به امروز میلیون‌ها نمونه تعیین توالی شده‌اند و هزاران مقاله با استفاده از توالی Illumina منتشر شده‌است.
این سیستم دارای فن‌آوری، کیفیت بی‌نظیر داده، تنظیمات اجرای انعطاف‌پذیر می‌باشد. HISEQ 2500 پلتفرم انتخابی برای همه مراکز اصلی ژنوم و موسسات پیشرو در سراسر جهان است.
HiSeq 2500 System یک نیروگاه توالی سنج Illumina برای کاربردهای بالا مانند توالی کل و کوچک ژنوم، توالی exome، توالی هدفمند، کل رونویسی mRNA و متاژنومیکس تفنگ ساچمه‌ای است.
این دستگاه قابلیت تولید 160 گیگابایت داده در روز (یا 1 ترابایت در هر اجرا) را دارد و سیستم را می‌توان طوری پیکربندی کرد که 1 یا 2 سلول جریان را همزمان اجرا کند.
در حالت خروجی بالا، می‌تواند تا 8 ژنوم انسان را با پوشش 30 برابر پردازش کند و یک ژنوم در 27 ساعت تعیین توالی شود.
HiSeq 2500 همچنین دارای رابط کنترل صفحه لمسی و نرم‌افزاری با گردش کار گام‌به‌گام هدایت شده‌است.
آمار کیفیت را می‌توان در زمان واقعی از طریق ابزار، در رایانه از راه دور یا حتی در مرورگر اینترنت مشاهده کرد.
فناوریSBS در سیستم HiSeq 2500
سیستم HiSeq 2500 از فناوری اثبات شده Illumina SBS استفاده می‌کند تا داده‌های بسیار دقیق و عملکرد قوی را برای طیف گسترده‌ای از برنامه‌ها ارائه دهد.
SBS از یک روش خاتمه‌دهنده برگشت‌پذیر، با نوکلئوتیدهای دارای فلورسنت برچسب برای تشخیص تک بازها در ترکیب رشته‌های DNA در حال رشد استفاده می‌کند.
توالی یابی جفت شده امکان توالی هر دو انتهای قطعه DNA را فراهم می‌کند.
از آنجا که فاصله بین هر خواندن زوجی مشخص است، الگوریتم‌های هم‌ترازی می‌توانند از این اطلاعات برای ترسیم دقیق خواندن بر روی مناطق تکراری استفاده کنند.
این امر باعث می‌شود که خواندن‌ها بسیار تراز شوند، به‌ویژه در نواحی دشوار و تکراری ژنوم.
هر چهار dNTP متصل به پایانه برگشت‌پذیر در هر چرخه توالی وجود دارد.
این ویژگی تعصب اختلاط را به حداقل می‌رساند و میزان خطای خام را تا حد زیادی کاهش می‌دهد.
فناوری SBS یک قابلیت اتصال کوتاه برای توالی ژنوم با وضوح بالا، و همچنین خواندن انتهای زوج بلند برای مونتاژ توالی کارآمد، تعیین توالی جدید و موارد دیگر را ارائه می‌دهد.
ترکیبی از درجههای کوتاه و خواندن طولانی‌تر، توانایی مشخص کردن کامل هر ژنوم را افزایش می‌دهد.
نتیجه نهایی، توالی‌یابی پایه به پایه واقعی است که داده‌های دقیق را برای طیف وسیعی از برنامه‌ها امکان‌پذیر می‌کند.
این روش تقریبا خطاها و تماس‌های از دست رفته مرتبط با رشته های نوکلئوتیدهای مکرر (هموپلیمرها) را حذف می‌کند.
نرم‌افزار کنترل HCS در دستگاه HiSeq 2500
HiSeq 2500 دارای نرم‌افزار کنترل HiSeq (HCS) است.
این نرم‌افزار یک رابط کاربری آسان برای استفاده است و دارای صفحه لمسی و کنترل ابزار می‌باشد.
HCSگردش کار گام‌به‌گام را بهینه می‌کند و شما را راهنمایی می‌کند که راه اندازی آزمایشی، بارگیری سلول‌های جریان و معرف‌ها، بررسی جریان و شست‌وشو بعد از عمل آمار کیفیت از یک یا چند اجرا می‌تواند باشد.
آزمایش‌های توالی در دستگاه
آزمایش‌های توالی در HiSeq 2500 به صورت خطی سفارش داده می‌شود.
قبل از تعیین توالی، سنجش‌های کنترل کیفیت کتابخانه (سنجش حساسیت بالا اینتروژن کوبیت DNA، سنجش چابک روی صفحه نمایش، Kapa qPCR) برای تعیین صلاحیت کتابخانه‌های فردی و عادی‌سازی مجموعه کتابخانه انجام می‌شود.
آزمایش‌های دنباله روی HiSeq 2500 را می‌توان از طریق منبع مشترک HTG در افزایش خطوط کامل سفارش داد.
هر خط تقریباً 220 تا 270 میلیون خوشه تولید می‌کند که خواندن دنباله‌ای را ایجاد می‌کند.
اجرای 1 x 50 bp بر روی سلول HiSeq 2500 نیاز به حدود 2 روز زمان اجرا دارد. اجرای 2 x 125 bp بر روی سلول جریان خروجی HiSeq 2500 High Output تقریباً 6 روز زمان نیاز دارد.
HiSeq 2500 از پیکربندی‌های خواندن x 8 bp1، 2 x 8 bp و 2 x 10 bp پشتیبانی می‌کند.
مشخصات:
- دو سلول جریان
- حالت خروجی بالا با هشت خط و حالت سریع اجرای دو خط در دسترس است.
- حداکثر 5/1 میلیارد خواندن تک (یا 5/1میلیارد جفت خواندن) در هر سلول جریان خروجی بالا.
- حداکثر 300 میلیون تک خوان (یا 300 میلیون جفت خواندن) در هر سلول جریان سریع.
- توالی خواندن تا 100 nt در خروجی بالا و 250 nt در حالت سریع اجرا.
- توالی زوجی تا 100 nt در خروجی بالا و 250 در حالت سریع اجرا.
- بسته به کاربرد، نمونه چندگانه تا 96-384 در دسترس است.
برای برنامه‌های مختلف استفاده می‌شود، اما محدود به موارد زیر:
- کل توالی ژنوم جدید
- تجزیه‌و‌تحلیل مجدد کل ژنوم
- توالی‌یابی Exome
- mRNA-Seq
- miRNA / RNA کوچک
- ChIP-Seq
- RIP-Seq
- توالی‌یابی درجه
داده‌ها در قالب FASTQ تولید می‌شوند.
این ابزار توسط کارکنان مرکز ژنومیکس همراه با خدمات تعیین توالی نسل بعدی اداره می‌شود.
نتیجه‌گیری:
HiSeq 2500 نشان‌دهنده اولین راه حل انعطاف‌پذیر برای برنامه‌های کاربردی توالی بالا با هر دو حالت خروجی بالا و سریع اجرا است.
در حالت خروجی بالا، HiSeq 2500 توالی تعداد زیادی ژنوم، اگزوم یا رونویسی را در یک اجرا امکان‌پذیر می‌کند و اجازه می‌دهد مطالعات بزرگ با کمترین تعداد اجرا به پایان برسد.
در حالت اجرای سریع، HiSeq 2500 قادر به تعیین توالی یک ژنوم 30 اینچی در یک روز یا تکمیل یا سریع برنامه‌های چندگانه مانند تجزیه مجدد exome یا RNA-Seq است.
زمان اجرای سریع شامل تولید خودکار خوشه روی ابزار و تعیین توالی زوجی بدون نیاز به دخالت کاربر در کل فرایند است.
آناهیتا یعقوبیانی
منابع:
مقاله های مرتبط:
یک نظر